Подлый - вероятно, происходит от слова подол. Подол - по долу, низко, отсюда и подлый, подолый – тот, кто рядом с долом, то есть тоже расположен низко. Слово подлый появилось ориентировочно в 18 веке и употреблялось для указания низкого происхождения человека. Подлый человек - самый простой человек без каких-либо привилегий. Поэтому были, например, выражения "подлый народ", "подлый язык". Но потом слово подлый обрело ярко негативную окраску и перестало употребляться в первоначальном значении. Так, в результате гордыни и тщеславия власть имущих, в русском языке появилось еще одно "плохое" слово.

Источники: "История слов" В. В. Виноградов; "Древнерусский язык" Т. Г. Винокур.